המפקדים בספר במדבר

רש"י בפירושו לפסוק א מדבר על מפקדים נוספים שהיו בעם ישראל, אחד ביציאת מצרים ואחד לאחר חטא העגל. פירושו מעלה קושיות רבות. היכן בתורה מופיע מפקד שהיה לאחר חטא העגל? האם מדובר במחצית השקל? אם כן בשביל מה יש שני מפקדים במרחק של שנה  וחודש? האם מדובר באותו מפקד?